종부세 합산배제 과세특례 9월말까지 신청하세요! (2025년 가이드)

2025-09-15 업데이트 · 국세청 안내 기준

종부세 합산배제·과세특례 9월말까지 신청하세요 (2025)

신청 기간 2025.09.16 ~ 09.30 · 11월 정기고지 반영 · 임대주택/사원용주택/주택신축용 토지 등 대상

09.16~09.30

신청 기간

11월

정기 고지 반영

5만여명

맞춤 안내 발송

목차 1) 한눈에 보는 핵심 2) 합산배제 대상·요건 요약 3) 1세대1주택 과세특례 & 보유기간 특례 4) 신고 유형(최초·추가·변동·제외) 5) 홈택스 신고 경로 6) 자주 하는 실수 & 추징 리스크 7) 체크리스트 & 바로가기 8) FAQ

1) 한눈에 보는 핵심

• 언제? 2025.09.16 ~ 09.30까지 신청 → 11월 정기고지에 반영
• 누가? 합산배제 대상 임대주택·사원용주택 등, 일시적 2주택·상속·지방저가주택 등 과세특례 대상
• 어디서? 홈택스(전자) 또는 세무서(서면)
• 안내: 국세청이 5만여 명에게 맞춤형 안내문 발송(모바일/우편)

2) 합산배제 대상·요건 요약

유형	주요 요건(요약)
임대주택	과세기준일(6.1) 현재 실제 임대 + 신고기한(9.30)까지 지자체 임대등록 & 세무서 사업자등록 완료. 6.1 현재 임대 중 주택은 9.30까지 등록 시 6.1 등록으로 인정.
사원용 주택 등	사원용 주택, 기숙사, 주택건설업자의 미분양주택, 멸실 목적 주택, 등록문화재 주택 등
주택건설용 토지	취득일로부터 5년 내 주택법상 사업계획승인 받을 토지

2025년 주요 변경

• 6년 단기임대주택도 요건 충족 시 합산배제 포함(’25.6.4 이후 등록, 6년 임대, 임대료·보증금 증액 ≤5%, 1년 내 재증액 금지 등)
• 민간임대 30호 이상 가액요건 완화(건설형 12억, 매입형 9억·비수도권 6억)
• 사원용주택은 임차인/임대료/보증금 변동 시 매년 변동신고

3) 1세대1주택 과세특례 & 보유기간 특례

① 주택 수 산정 제외 특례(신청 시 1세대1주택 계산방식 적용)

• 일시적 2주택: 신규주택 취득 후 3년 내 종전주택 양도 조건
• 상속주택: 상속개시 5년 이내, 지분 40% 이하 또는 지분가액 수도권 6억/비수도권 3억 이하
• 지방저가주택: 공시가격 4억 이하(특정 군·읍·면 등)

② 보유기간 계산 특례(세액공제 받으려면 신청 필수)

• 재건축·재개발 주택: 멸실된 종전주택 취득일부터 보유기간 산정
• 배우자 상속 주택: 배우자 취득일부터 보유기간 산정

4) 신고 유형(예시로 이해하기)

유형	언제 쓰나	메모
최초·추가	새로 합산배제 받거나 물건 추가	11월 정기고지에 비과세 반영
변동	소유권·면적·임차인·임대료 등 변동	사원용주택 임차·보증금 변동 의무신고
제외	요건 미충족(의무임대 전 양도, 5% 초과 증액 등)	과세대상 포함
면제	작년과 동일, 변동 無	다시 신고 X

5) 홈택스 신고 경로

1. 홈택스 접속 → 하단 세무업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세
2. 고지·모의계산에서 모의세액 계산 및 임대주택 합산배제 자가진단 이용
3. 해당 신고(신청) 메뉴로 이동해 제출

6) 자주 하는 실수 & 추징 리스크

• 임대등록 미완료: 9.30까지 지자체·세무서 모두 등록 못하면 추징
• 의무임대기간 전 양도/말소: 경감세액 + 이자상당가산액 추징
• 임대료 5% 초과 증액 후 합산배제 신고: 추징 사유

7) 체크리스트 & 바로가기

체크 항목	확인
대상 여부: 임대주택/사원용주택/주택신축용 토지	□
임대주택: 6.1 현재 임대, 9.30까지 지자체·세무서 등록 완료	□
과세특례: 일시적 2주택/상속/지방저가 해당 여부 검토	□
보유기간 특례: 재건축·재개발/배우자 상속은 별도 신청	□
모의세액·자가진단으로 유불리 확인	□

홈택스 바로가기 FAQ 보기

8) FAQ

Q1. 기존에 합산배제를 받았는데 올해도 다시 신청해야 하나요?

작년에 제출했고 변동이 없다면 재신고 불필요합니다. 다만 요건 미충족 또는 변동이 생기면 반드시 변동신고 하세요.

Q2. 6년 단기임대주택도 가능한가요?

’25.6.4 이후 등록한 6년 단기임대주택은 6.1 현재 임대 개시하고 9.30까지 지자체·세무서 등록을 마치면 합산배제 신청 가능. 임대료·보증금 증액은 연 5% 이하, 1년 내 재증액 금지 등 요건을 지켜야 합니다.

Q3. 부부 공동명의 1주택인데 특례가 유리한지 애매해요.

홈택스의 모의세액계산으로 특례 적용 전후 금액을 비교해 유불리를 판단한 뒤 신청하세요.

자료 출처: 국세청 합산배제·과세특례 안내(2025-09-15 배포 기준)

※ 본 글은 정보 제공 목적이며 개인 상황에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.

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요약: 종부세 합산배제·과세특례는 2025.09.16~09.30 신청, 11월 정기고지 반영. 임대주택·사원용주택·주택신축용 토지 등 대상. 6년 단기임대주택도 요건 충족 시 포함. 일시적 2주택·상속·지방저가주택 특례, 재건축/배우자 상속 보유기간 특례 신청 필수.