장애인고용부담금, 법인세 손금산입 된다…대법원 판결·경정청구 총정리

그동안 비용으로 인정받지 못했던 장애인고용부담금, 이제 법인세 손금으로 처리할 수 있게 됐습니다. 대법원이 2026년 3월 12일, 장애인고용부담금은 법인세법상 손금불산입 대상인 '제재성 공과금'이 아니라고 최종 확정(2024두30809)했기 때문입니다. 이로써 과거 손금불산입으로 신고했던 기업은 경정청구를 통한 법인세 환급이 가능해졌는데요. 다만 세법 개정으로 적용 시점을 잘 따져야 합니다. 세무담당자·기업 실무 관점에서 정리했습니다.

왜 문제가 됐나 — 2018년 유권해석에서 시작

원래 국세청은 오랫동안 장애인고용부담금을 비용(손금)으로 인정해 왔습니다. 그런데 2018년 기획재정부가 "이 부담금은 법인세법 제21조 제5호의 손금불산입 공과금에 해당한다"는 유권해석을 내면서 방향이 바뀌었고, 이후 과세당국의 경정과 납세자의 불복이 반복됐습니다.

쟁점은 하나였습니다. 장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호가 규정한 '법령상 의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금'에 해당하는지 여부였죠.

대법원의 결론 — "제재가 아니다"

법원은 세 심급 모두 기업의 손을 들어줬습니다. 서울행정법원과 서울고등법원에 이어, 대법원은 2026년 3월 12일 과세당국의 상고를 기각하며 장애인고용부담금은 '제재성 공과금'이 아니라고 확정했습니다. 부담금의 성격이 제재가 아니라 장애인 고용을 유도하고 사업주 간 부담을 나누는 '유도적·조정적 성격의 부담금(사회연대적 공동 갹출금)'이라는 이유였습니다.

📌 참고로 대법원은 같은 날 유사 사건(2025두35058)도 함께 선고했고, 향후 동종 사건의 대표판결로 인용되는 것은 2025두35058입니다. 2024두30809는 같은 결론의 병행 판결입니다.

핵심 — 개정 전·후로 손금 처리가 갈립니다

주의할 점이 있습니다. 정부가 2024년 12월 31일 법인세법 제21조 제5호를 개정해, 손금불산입 대상 범위를 넓혔기 때문입니다.

• 개정 전 : "의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금"
• 개정 후 : "의무 불이행 또는 위반을 이유로 부과되는 공과금"

이에 따라 사업연도별 손금 처리는 다음과 같이 정리됩니다.

구분	적용 법령	손금 처리
개정 전 규정 적용분 (2024년 이전 의무 불이행분)	구 제21조 제5호 ('제재로서' 부과)	손금산입 가능 (대법원 판결)
개정 후 규정 적용분 (2025.1.1. 이후 의무 발생분)	현행 제21조 제5호 ('이유로' 부과)	손금불산입 대상으로 해석 (기획재정부 유권해석)

개정 규정은 2025년 1월 1일 이후 장애인고용 의무 불이행에 따라 부담금 의무가 발생하는 분부터 적용됩니다.

그렇다면 2024년분(2025년 1월 신고)은?

실무에서 가장 헷갈리는 지점입니다. 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제5항은 해당 연도 부담금을 다음 해 1월 31일까지 신고·납부하도록 정하고 있어, 2024년도 고용의무 불이행분을 2025년 1월에 신고·납부하게 됩니다.

✅ 판단 기준은 '신고·납부 시점'이 아니라 '부담금 의무 발생 시점'입니다. 2024년 고용의무 불이행분은 의무 발생이 2024년이므로 개정 전 규정이 적용되어, 신고·납부가 2025년 1월이더라도 손금산입이 가능한 것으로 판단됩니다.

지나간 사업연도는? — 경정청구 검토

2018년 유권해석 이후 2019년 신고분부터 장애인고용부담금을 손금불산입으로 처리해 온 기업은, 이번 판결을 근거로 경정청구를 통해 과납 법인세를 환급받을 수 있는 길이 열렸습니다. 업계에서는 대상 기업을 약 8,000여 개, 환급 규모를 약 1조 원 수준으로 추산합니다.

경정청구는 법정신고기한 경과 후 5년 이내에 청구할 수 있으므로, 각 사업연도별 청구 가능 기한을 확인해 서둘러 검토하는 것이 좋습니다.

⚠️ 남은 쟁점(리스크): 2025년 귀속분부터 적용되는 현행 개정 조문("위반을 이유로 부과되는 공과금")에 장애인고용부담금이 당연히 해당하는지는 향후 다시 다퉈질 여지가 있습니다. 유권해석은 손금불산입으로 정리했으나, 개정조항의 위임범위 등을 둘러싼 불복 가능성은 열려 있습니다.

정리

• 2024년 이전 의무 불이행분 : 손금산입 가능 → 손금불산입 처리했다면 경정청구 검토
• 2024년분(2025.1월 신고) : 개정 전 규정 적용 → 손금산입 가능으로 판단
• 2025년 이후 의무 발생분 : 개정 규정상 손금불산입 해석(다만 향후 쟁송 여지)

비용 처리 하나로 법인세가 달라지는 사안인 만큼, 해당되는 기업이라면 사업연도별 적용 규정과 경정청구 기한을 반드시 확인하시기 바랍니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

장애인고용부담금은 이제 법인세 비용으로 인정되나요?

개정 전 규정이 적용되는 2024년 이전 의무 불이행분은 손금산입(비용 인정) 가능합니다. 다만 2025.1.1. 이후 의무 발생분은 개정된 규정상 손금불산입으로 해석됩니다.

2024년도 부담금(2025년 1월 신고분)은 손금산입되나요?

부담금 의무 발생 시점이 2024년이므로 개정 전 규정이 적용되어, 신고·납부가 2025년 1월이더라도 손금산입이 가능한 것으로 판단됩니다.

과거에 손금불산입으로 신고했는데 환급받을 수 있나요?

2019년 이후 손금불산입 처리분은 대법원 판결을 근거로 경정청구를 통한 환급이 가능합니다. 다만 신고기한 후 5년의 청구 기한을 확인해야 합니다.

대법원 판결 번호는 무엇인가요?

대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두30809 판결입니다(같은 날 병행 선고된 대표판결은 2025두35058).

이 글은 대법원 2024두30809(2026.3.12.) 판결, 기획재정부 유권해석, 법인세법 개정(2024.12.31. 법률 제20613호) 및 KICPA·조세금융신문·언론 보도를 바탕으로 작성한 정보 제공용 글이며, 세무 자문이 아닙니다. 개별 사업연도의 손금 처리·경정청구 적용은 사안에 따라 다를 수 있으니, 반드시 세무대리인 등 전문가의 확인을 거치시기 바랍니다. (최종 확인: 2026.7.)